金王朝很重视本民族人才的培养与选拔，颁行女真大学、女真小学，设国子监、采取双轨制，开科取仕，分期举行女真进士和汉进士的考试，大定十三年（1113）大悯忠寺还做了一次女真人进士的考场，熙熙攘攘，很是兴盛，皇家寺院又成了女真举子跃入官场的龙门。晨钟暮鼓，花木繁盛。过了两年朝廷又拨钱重修了大殿和太子殿。寺庙更辉煌了。然而兴起于蒙古草原的“飓风”正以摧枯拉朽之势，动地而来。
1215年蒙古铁骑攻陷美丽的中都城，一场疯狂的烧杀劫掠、生灵涂炭、宫殿无存。悯忠寺在城外东南郊，存毁未卜，不过从元末时人的诗文中还可以见到对双塔的观音阁的描述，大概那庙还在吧。
古刹多灾难。明初，志书上说，“今寺与塔俱毁，遗址仅存”。是战乱，是地震还是雷火把古庙毁了？不得而知，反正是“遗址仅存”。当过和尚的太祖皇帝朱元璋自然推崇佛教，他的儿子成祖朱棣迁都北京后也必然要隆盛佛事。但重建悯忠寺的事却一直拖到明英宗朱祁镇的正统三年（1438）由司礼太监宋文毅等巨阉牵头出资重建了寺院。据现存寺内的碑文记载，这次重建工程浩大：“中建如来宝殿，前天王殿，后观音阁，及法堂、方丈、山门、伽蓝、祖师堂、东西两庑、钟鼓二楼、香积之厨、禅栖之所，次第完缮，以间计者凡一百四十……”以后又修建了大藏经阁。对殿内“复雕塑佛菩萨像，庄严藻绘，视旧规盖有加焉”。里里外外焕然一新，成了今天寺院的格局，英宗题名“崇福寺”。还传旨把一部新刊印的大藏经赐给寺院，放在藏经阁中“永充供养，听所有僧官僧徒看诵赞扬，上为国家祝厘，下与民生祈福。”（《敕谕敕赐崇福禅寺碑》）至今，这部珍贵的明刊大藏经还保存在法源寺的藏经阁中。
清世祖福临崇尚佛教，他说自己的前世就是个出家的和尚。他曾在崇福寺内设诫坛。康熙帝赐御书匾额：“觉路津梁”和“存诫”。雍正皇帝不仅敬佛而且深识佛法。雍正十一年（1735）他发帑重修寺庙，赐名“法源寺”，定为律宗寺庙。他说：“朕惟如来演说经、律、论三藏，而律居其一；又说戒、定、慧三学，而戒居其先，亦如宗门有衣钵之传焉。”（《御制法源寺碑文》）从此，在京城众多的寺庙中，法源寺成为少有的专司传戒授法的皇家古刹。
雍正的儿子乾隆更是崇佛有加。乾隆四十三年（1778），乾隆皇帝亲临寺院，赐御书匾额“法海真源”，高悬大雄宝殿门楣。还题诗一首：“最古燕京寺，由来称悯忠。沧桑已阅久，因草率难穷。名见‘法源称’，实看像教崇。甲寅并雍正，戊戌葺乾隆。是日落成庆，初春瞻礼躬。所期资福力，寰宇屡绥丰。”
今天我们看到的法源寺，虽是明建清修不算十分稀奇，但那花木葱茏的庭院内收藏的文物和蓄藏的故事却是鲜有能比的。
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